El cuerpo de la iglesia está estructurado a su vez en altura por dos niveles de balaustrada de cantería, uno como remate superior de la galería de acceso conformando un primer nivel de terraza, destacando en su eje principal central un frontispicio y en las esquinas cuatro pináculos esbeltos con forma piramidal, mientras que el otro nivel de balaustrada, como coronación del cuerpo central cilíndrico está rematado en su zona central por un escudo con las armas reales también en cantería y piñas alargadas sobresalientes siguiendo el ritmo de los módulos macizados de la balaustrada.

Por encima de este nivel, la cubierta del cuerpo central está formada por una bóveda esférica emplomada por el sistema de embordonado y linterna central cilíndrica de importantes dimensiones rematada por una bóveda emplomada con forma de cebolla y pináculo central.

Las galerías de arcos que unen a través de soportales esta capilla con la Casa de Infantes por un lado y por otro con las Casa de Caballeros y Oficios, se construyeron después de morir Bonavia en 1767 siendo arquitecto mayor del Real Sitio Jaime Marquet. La construcción es de fábrica de ladrillo, salvo en huecos y cornisas que es de piedra de Colmenar y las cubiertas de plomo.

La plaza

Se la conoce también como «de la Mariblanca» debido al conjunto escultórico conocido como la fuente de la Mariblanca (cuyo nombre real es la fuente de Venus) que decora el extremo norte de la plaza. A la plaza dan la Casa de Caballeros y Oficios, la iglesia de San Antonio, la Casa de Infantes y el jardín de Isabel II.

Hacia 1752, la plaza tenía otra fuente llamada el fuente del Rey, obra de Juan Domingo Olivieri, con una imagen del rey Fernando VI mirando al puente, pero en 1760 el rey Carlos III, ordenó retirar la estatua, y dos años más tarde se colocó la actual fuente de Venus, obra de Juan Reyna.

Vista de la plaza e iglesia de San Antonio desde el Puente de Barcas. Fernando Brambilla.